High-Throughput Screening (HTS, auch: Hochdurchsatz-Screening) wird vor allem in der Pharmaforschung genutzt. Bei dieser Art von Test werden an bis zu Millionen von Substanzen biochemische, genetische oder pharmakologische Tests durchgeführt. Mit High-Throughput Screening sucht man vor allem nach neuen, biologischen aktiven Substanzen. Dies bildet dann die Basis zur Entwicklung neuer Arzneistoffe.
Beim HTS gilt die Regel „You get what you screen for”. Somit werden umfangreiche Molekülbibliotheken durchsucht und High-Throughput Screenings sind entsprechend aufwendig. Es gibt hier hohe Anforderungen an Automatisierung. Deswegen werden Roboter und Automaten für das Liquid Handling eingesetzt. Hier kommt auch die Mikrofluidik zum Einsatz.